Σε δεινή θέση βρέθηκε η κυβέρνηση Ζάεφ, η οποία αναγκάστηκε να αποσύρει το σχέδιο νόμου για αλλαγή της ονομασίας της λεγόμενης «”Μακεδονικής” Ακαδημίας Επιστημών και Τεχνών» (ΜANU), σύμφωνα με όσα ορίζει η «Συμφωνία των Πρεσπών» για τα δημόσια ιδρύματα στη γειτονική χώρα.
Η κυβέρνηση του γειτονικού κρατιδίου προχώρησε στην κίνηση αυτή, μετά την άρνηση του Δ.Σ. του Ιδρύματος, να συναινέσει στην προσθήκη «Βόρειας Μακεδονίας», εμμένοντας στη σημερινή ονομασία της Ακαδημίας.
Ο πρόεδρος της Ακαδημίας, Λιούπτσο Κοτσάρεφ, έκανε γνωστό πως τα μέλη του Δ.Σ. αρνούνται να συμπεριλάβουν τον όρο «Βόρεια Μακεδονία» στη ονομασία του ιδρύματος, παρά τη θέση της κυβέρνησης
Μόνο ένα μέλος του Δ.Σ. του MANU τάχθηκε υπέρ της αλλαγής της ονομασίας του Ιδρύματος, που χρονολογείται από το 1967, σύμφωνα με όσα ορίζει η «Συμφωνία των Πρεσπών».
Για την πλειοψηφία και τον πρόεδρο του σώματος, η μετονομασία σε «Ακαδημίας Επιστημών και Τεχνών Βόρειας Μακεδονίας» θεωρείται «απαράδεκτη» εξέλιξη. Όπως δήλωσε ο Κοτσάρεφ στα τοπικά ΜΜΕ «Η «Συμφωνία των Πρεσπών» αποτελεί παράγοντα περιφερειακής αποσταθεροποίησης», ενώ οι Συμφωνίες που έχουν υπογράψει τα Σκόπια με Ελλάδα και Βουλγαρία «υποβαθμίζουν» τους ‘‘Μακεδόνες’’» .
